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抢跑疫情:二代技术缩短病毒基因测序时间

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經數據分析,2019-nCoV與2003年爆發的SARS病毒基因組序列相似度為80%,與2017年2月從國內的蝙蝠中採集到的Bat SARS-like coronavirus isolate bat-SL-CoVZC45基因組序列相似性最高,相似度為88%。對2019-nCoV病毒株的基因組變異分析為追溯病毒來源、追蹤病毒株變異路徑、防控新型冠狀病毒引發的疫情、治療病毒性肺炎提供重要的數據基礎與決策支持。

1月11日,國家衛健委發佈消息,武漢不明原因的病毒性肺炎疫情受到各界廣泛關注,為維護全球衛生安全,中國將與世界衛生組織分享武漢不明原因的病毒性肺炎病例中檢測到的新型冠狀病毒基因序列信息。

2002年12月,「非典」病例開始出現,2003年4月13日,加拿大一間實驗室率先宣布破譯了SARS病毒序列。2003年5月1日,美國《科學》雜誌刊登了兩份「非典」病毒基因組序列研究論文。由美國和加拿大研究人員組成的兩個研究小組在論文中證實,「非典」病毒是一種全新的冠狀病毒。

相比之下,此次新型冠狀病毒疫情從通報到基因組被破譯僅用時10天。周向軍介紹,病毒基因序列對於檢測、快速診斷、疫苗研發和藥品研發都具有重要意義。

符合疑似病例標準的基礎上,痰液、咽拭子、下呼吸道分泌物等標本進行實時熒光RT-PCR檢測新型冠狀病毒核酸陽性;或病毒基因測序,與已知的新型冠狀病毒高度同源,則判斷為確診病例。

核酸檢測PCR試劑盒中含有聚合酶鏈式反應所需要的各種試劑組分,PCR反應液混合液中加入檢測樣品,即可進行PCR擴增反應。PCR擴增產物經瓊脂糖電泳染色判斷,陽性樣本將在相應大小的片段處出現特異性條帶,從而對感染樣本進行確診。

北京市一家新型肺炎救治定點醫院的專家向記者介紹,目前北京市醫療機構對新型肺炎患者的確診流程是,患者到醫療機構就診后,醫生根據上述診療方案判斷患者是否為疑似病例。將疑似病例隔離后,將患者的痰液、咽拭子、下呼吸道分泌物等標本送至各轄區疾控中心進行實時熒光RT-PCR檢測,經過專家會診,確定是否為確診病例。由於核酸檢測試劑盒剛剛研製成功,目前暫時還未下發到醫院。

上述專家指出,春節期間,廣大群眾要避免到電影院等人流聚集的地方,其染病風險非常大。目前春節檔電影已經全部撤檔。此前,春節檔電影預售票房已經超過2億元,從專家角度考慮,這一情況對於新型肺炎防控具有很大風險。

1月22日,國家衛生健康委辦公廳和國家中醫藥管理局辦公室聯合印發《新型冠狀病毒感染的肺炎診療方案(試行第三版)》。對於病例的定義,該診療方案明確,同時符合流行病學史(即發病前兩周內有武漢市旅行史或居住史;或發病前14天內曾經接觸過來自武漢的發熱伴有呼吸道癥狀的患者,或有聚集性發病)和臨床表現為發熱;具有肺炎影像學特徵;發病早期白細胞總數正常或降低,或淋巴細胞計數減少,可以判斷為疑似病例。

與2003年造成「非典」疫情的SARS病毒相比,此次2019冠狀病毒基因測序完成的時間大大縮短。

新型冠狀病毒基因序列公布后,國內從事傳染病檢測的體外診斷行業公司迅速布局研發,已經先後有多家公司宣布推出新型冠狀病毒檢測產品。

搶跑疫情:二代技術縮短病毒基因測序時間

恆瑞源正首席科學家周向軍博士向《中國經營報》記者介紹,2003年,SARS病毒基因測序使用的是第一代技術,此次2019冠狀病毒測序使用的是第二代技術Next Generation Sequencing(NGS),相比于第一代技術,第二代技術測序完成更加快速、準確。

本報記者 閻俏如 北京報道武漢肺炎疫情繼續蔓延的同時,相關科研工作正在緊鑼密鼓地進行。

2020年1月10日,上海市公共衛生臨床中心和公共衛生學院與華中科技大學武漢市中心醫院、武漢市疾病預防控制中心、國家傳染病預防控制所、中國疾病預防控制中心和澳大利亞悉尼大學合作,公開了2019冠狀病毒基因組。

RT-PCR即逆轉錄PCR,是聚合酶鏈式反應的一種廣泛應用的變形。聚合酶鏈式反應作為一種分子生物學技術,可以完成DNA片段的擴增工作,它最突出的優勢就是可以脫離生物,在生物體外開展DNA的複製工作,並且可以將少數、微量的DNA進行很大程度的擴增。

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